A lo largo de su trayectoria, Elena Mendoza ha compuesto obras musicales tanto para óperas como para música de cámara y orquestal. Entre sus obras teatrales destaca Niebla, un proyecto del que es co – autora junto al director de escena Matthias Rebstock y que se basa en la obra homónima de Miguel de Unamuno. Por su parte, en el ámbito de la música de cámara resaltan Díptico (2004), en el que Mendoza combina la Misa de Notre Dame de Machaut con creaciones contemporáneas; Akt Zeichnung (2005), basada en un texto de Rayuela de Cortázar o; Nebelsplitter (2008), obra que algunos críticos consideran un epílogo instrumental a la ópera Niebla. También destacan Gramático de lo indecible (2009) y Fragmento de teatro imaginario (2009), trabajos que junto a Niebla le merecieron el premio Nacional de la Música en 2010.

Por otra parte, en 2008 publicó Nebelsplitter su primer trabajo en CD, un monográfico de música de cámara con el sello Kairos (Viena), musicadhoy (Madrid) y Deutschlandradio Kultur (Berlin). En 2011 saldría al mercado su segundo CD con el sello de Wergo, y en colaboración con Deutschlandradio Kultur y el Consejo Alemán para la Música (Deutscher Musikrat). El álbum cuenta con escenas de Niebla, Fe de erratas y Gramática de lo indecible. Además, desde el 2009, sus partituras se publican en la editorial Peters.